لجودة المياه تأثيرٌ بالغ الأهمية على تربية الأحياء المائية. لذلك، من الضروري أن يكون القائمون على تربية الأحياء المائية على درايةٍ بمؤشرات الكشف، وأن يُجروا فحوصاتٍ دوريةً لجودة المياه، وأن يستجيبوا لتعديلات مؤشرات جودة المياه في الوقت المناسب.
تشمل الاختبارات الرئيسية لمياه الاستزراع المائي درجة الحموضة (pH)، ونيتروجين الأمونيا، والأكسجين المذاب، والنتريت، والكبريتيد، والملوحة. من بين هذه الاختبارات، يُعدّ الأكسجين المذاب ودرجة الحموضة المناسبة شرطين أساسيين، بينما تُعدّ نيتروجين الأمونيا، ونيتروجين النتريت، والكبريتيد المواد السامة الرئيسية الناتجة عن أيض الأسماك والروبيان. إن القياس الدقيق وفي الوقت المناسب لتركيز هذه المواد، ثم اتخاذ الإجراءات اللازمة، يُحسّن بشكل كبير من معدلات بقاء الأسماك والروبيان، ويُخفّض تكاليف التكاثر.